A reflux betegség fő oka, hogy a nyelőcső gyomor közötti záróizom működési zavara következtében a gyomor tartalom a nyelőcsőbe jut és ez különböző panaszokat okoz. A működési zavar pontos okát nem tudjuk, de ismert, hogy vannak olyan gyógyszerek, amelyek hatására ez a zavar tovább fokozódik, a tünetek erősödnek.