Diszbiózist a jótékony baktériumok alacsony mennyisége, valamint a káros baktériumok, gombák vagy paraziták elszaporodása okoz. Az elmúlt tíz évben a bélrendszeri diszbiózis előfordulási arányának drámai növekedése figyelhető meg, melyben a környezeti- és életmódtényezők egyaránt nagy szerepet játszanak.