A refluxos panaszokon számos gyógyszer ronthat, vagy a záróizmok funkciójának rontásán, vagy a nyelőcső irritálásán keresztül. A reflux szempontjából kedvezőtlen mellékhatással is rendelkező gyógyszerek között számos gyakran használt fájdalomcsillapító, vérnyomáscsökkentő is található.