A székletátültetést (más néven fekális bakterioterápiát) ma már Magyarországon is alkalmazzák a Clostridium difficile fertőzés kezelésére. Az eljárás során a donortól származó székletet a beteg vékony- vagy vastagbelébe juttatják az egészséges baktériumflóra visszaállításának érdekében.