Az ÁNTSZ is bekapcsolódna az élelmiszer-ellenőrzésekbe, melyeket jelenleg a Mezőgazdasági Szakigazgatási Hivatal végez. A hatóság nem csak a külföldről behozott élelmiszerek, de a hazai kistermelőktől származó termékek ellenőrzésére is kiemelt figyelmet fordít a jövőben. Míg az importnál csak másodlagos ellenőrzésre van lehetőség, a hazai élelmiszerek útja teljes egészében nyomon követhető.