A Yaris Cross először is átesett az Euro NCAP biztonsági vizsgálatán, ahol kifejezetten jól teljesített: maximális ötcsillagos eredménye mellett a részkategóriákban elért pontjaival mértékadónak bizonyult a kis szabadidőjárművek mezőnyében. A meggyőző teljesítményben a szilárd karosszéria mellett a Toyota Safety Sense biztonsági funkciók hiánytalan