Alapjogi aggályokat vethet fel a kabinet nem is titkolt szándéka, hogy megszűrje a ma bejegyzett egyházakat, illetve erőteljesebb kritériumokat szabjon az ilyen szervezetek egyházi elismerésének. Noha az anyagilag is értékes címmel feltehetően valóban történnek visszaélések, demokratikus jogállamban az "államnak a vallási és lelkiismereti meggyőződésre tartozó kérdésekben semlegesnek kell lennie." A Fidesz-kabinet új egyházi törvénytervezete alapján azonban ez az elvárás aligha teljesül.