Bár a Nemzeti Fejlesztési Ügynökségnek fontos szerepe van a rendszer működésében, minden hibáért nem tehető felelőssé – ezt Heil Péter, az NFÜ volt elnöke mondta az ATV Start-ban annak kapcsán, hogy a kormány átalakítaná az uniós források elosztásának és pályáztatásának rendszerét. Heil úgy fogalmazott, ha a kormány csődként értékeli a rendszer működését, akkor maga a kormány mondott csődöt.