A Nemzeti Adó- és Vámhivatal napi tevékenysége során ellenőrzi bizonyos uniós mezőgazdasági támogatások igénybevételének jogszerűségét is. Az ilyen jellegű támogatások igénybevétele során a gazdálkodók export-visszatérítést igényelhetnek fajtatiszta szarvasmarhák Európai Unión kívüli országokba történő kivitele után, melynek egyik feltétele, hogy az állatnak legyen származási bizonyítványa.